Vámospércs régóta lakott település. Először a Váradi püspökség 1291–1294 között keletkezett tizedjegyzékében fordult elő Bélpérch néven, mint a Guthkeledek irtvány birtoka. Ezt követően folyamatosan lakott település, így 1992-ben joggal ünnepelhették a helybeliek lakóhelyük 700 éves jubileumát. Az oklevelek szerint már 1338 előtt is vámszedőhely volt, s ezért ezt követően az írott források már “Vámospercsh” néven említik. Kiváltságát Mátyás király is megerősítette.
1605. fontos dátum a település életében, hiszen ebben az évben Bocskai István Korponai Kiváltságlevelében a Vámospércsen lévő részbirtokát hajdúkatonáinak adományozta, s mintegy 108 család kapott itt telket. Mezővárosi kiváltságát többször is megerősítették. Gyakran tartották itt a Hajdú kerület közgyűléseit.
1850-ben II. osztályú járásbíróság székhelye lett, s 1871-ben elérte a vasút is, melynek jelentősége az egykori ország-területen nagyobb volt.
Az 1876. XXXIII. tc. intézkedett a Hajdú kerület megszüntetéséről, illetve Hajdú vármegye megszervezéséről, ami Vámospércs esetében azzal járt, hogy 270 éves hajdúvárosi múltja ellenére rendezett tanácsú városból nagyközséggé kellett átalakulnia.
Az első világháború után bekövetkező területi változások miatt az országon belül periférikus helyzetbe került, ami a település hanyatlását okozta. A második világháború után sem javult a helyzete, lakossága folyamatosan elvándorolt.
Az utóbbi egy-két évtizedben azonban biztató jelek mutatkoztak, s a nagyközség központi szerepet játszott a Ligetalja életében. Ennek tudatában 1997-ben a település vezetői előterjesztették várossá nyilvánítási kérelmüket, hogy az egykori hajdúvárosok közül utolsóként visszaszerezzék városi státuszukat. A városi címet 2001-ben kapták meg.